استاد صفایی بیش از پنجاه عنوان کتاب در زمینه‌ های گوناگونی چون تربیتی، نقد و روش نقد، ادبیات هنر، روش تدریس و آموزش، قرآن کریم و روش برداشت از آن، تفسیر و دیدارهای تازه با قرآن، دعا و حدیث، ولایت و امامت، معارف اسلامی و آموزه‌ های اقتصادی، اجتماعی و اخلاقی اسلام نگاشته‌ است که در غالب آن‌ ها با محوریت مسائل روز جامعه اسلامی کار کرده و کتبش به نوعی بر مبنای روش آموزش قرار گرفته‌ است.